扁桃体在儿童时期它是活跃的免疫器官，含有各个发育阶段的淋巴细胞,既有体液免疫作用，产生免疫球蛋白，也有一定的细胞免疫作用。起着比成人期更重要的防御作用。但儿童阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者的主要病因是扁桃体肥大、腺样体肥大，国内外研究证实，儿童OSA HS严重影响儿童的生长发育，可造成儿童的识别和行为能力受损，该病主要并发症包括神经认知功能障碍、行为问题、发育停滞等。故切除肥大的扁桃体是常规、有效的治疗方法，但是否会造成儿童免疫功能发育障碍，目前仍有争议。
目前多数研究多针对5岁以上儿童，通过检测患儿术前、术后1月、3月血清免疫球蛋白等免疫指示，发现短期内（1月内），免疫功能有所下降，术后3月时免疫功能已恢复。国外一项长达20年的调查，并未发现儿童期行扁桃体切除术对儿童免疫功能发育造成影响，
故目前认为对有适应证的患儿切除扁桃体对将来发育无明显影响，是比较安全的手术。
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