与直肠息肉
肛乳头肥大鉴别肛管与直肠柱连接的部位，呈三角形乳头状隆起，称为肛乳头。直肠肛管主要生理功能是排便。而直肠息肉泛指直肠粘膜表面向肠腔突出的隆起性病变，以病理上来看，性质不一，有良性肿瘤，有炎症变化，一般认为结直肠癌起自息肉，故息肉作为癌前症，及早切除息肉能降低癌的发生。
与肛裂
肛裂日久，反复发作，炎症，分泌物刺激而形成哨兵痔，以及肛乳头肥大。而许多人的哨兵痔，呈皮赘，质柔软。而肥大的肛乳头也常为有细长系带的瘤状物，其瘤体常脱出肛门外，且多数为孤立一个，偶有两个肥大的肛乳头同时存在，其色灰白，无触痛，质韧，光滑。
与肛窦炎
肛窦炎主要表现为肛门内间歇疼痛，急性发炎时肛门内有刺痛、灼热感、下坠感、排便时疼痛加重，常有少量粘液或鲜血排出，便后可引起肛门括约肌痉挛，持续疼痛数小时。慢性缓解期，病人无明显症状，仅在排便后，感到肛门内有短暂的微痛或不适，偶尔有肛门内向会阴、尾骶部放射的疼痛。
肛乳头炎主要表现为平时感到肛门内有异物感，随着乳头增生肥大，排便时乳头可脱出肛门外。小的乳头便后可自行回到肛门内，大的需用手推回肛门内。如不及时复位，可引起肛门水肿、胀痛。肿大乳头被刺激或破溃后，可使肛腺分泌增加，引起肛门部潮湿发痒。
