肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎。

 

　　直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘,直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。

 

　　有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男性较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛,若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛腺导管较直,不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其他皮脂腺普遍萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。

 

　　一般单纯性肛瘘只有1个内口和1个外口，这类肛瘘临床上最多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生感染，再次形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另-外口。如此反复发作,使病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通,这种肛瘘称为复杂性肛瘿,即有1个内口与多个外口。但有人认为,复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要瘘管累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有1个外口及1个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂