引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：
1、感染性因素：感染是引起肛周脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱、抵抗力减低，而诱发肛周脓肿。
2、术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿。以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起肛周脓肿。
3、免疫因素：婴幼儿肛周脓肿的发病多与肛管局部免疫机能不全有关。由于婴幼儿肛门直肠粘膜的局部免疫机能未成熟，肛隐窝容易感染。
4、医源性因素：肛肠检查或治疗肛肠疾病时操作不当可引起肛门脓肿。
5、其它某些全身性疾病：如糖尿病、白血病、再生障碍贫血等，由于严重的营养不良、全身虚弱、抗感染能力低下，也可并发肛周脓肿。
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