较小而无症状的囊肿可不必治疗，较大的囊肿或有症状的小囊肿可用手术治疗，途径有经膀胱、膀胱外、经会阴、经直肠等多种。常由于暴露欠佳致手术切除不完全，复发率高、并发症多。囊肿近会阴用经会阴入路手术切除易引起ED，青年患者慎用。有报道在B超定位下经会阴或经直肠行囊肿穿刺抽吸，然后注人凝固剂，但易复发。
囊肿近尿道膀胱或突入膀胱用经膀胱手术切除或经尿道电切，去除大部分囊肿顶部使其充分引流。腹腔镜切除前列腺囊肿具有组织显露清楚、手术时间短、不易损伤盆腔组织、创伤小、不造瘘、出血少等优点，是治疗向尿道后方及膀胱颈突起的前列腺囊肿的首选方法。
对于近尿道或突入膀胱的囊肿，经尿道电切除囊肿则是手术最佳途径，但是对于年轻患者，保留精阜对正常射精至关重要。当患者持续高烧不退、尿路症状无明显改善、尿道溢脓、大便不畅时，应考虑前列腺囊肿的可能，借助B超等检查确诊后行脓肿切开引流或穿刺引流治疗。只有当脓肿彻底消灭之后，以上症状才会缓解。
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